Кафедра гистологии и эмбриологии была основана в 1918 году. Первым заведующим был профессор С.А.Усов (1918-1919гг.), являвшийся в то же время ректором университета. В последующие годы кафедру гистологии возглавляли такие известные учёные как Г.А. Шмидт (1920-1921г.г.), Г.Г. Непряхин (1923-1925г.г.), М.В. Пилат (1925-1931 г.г.). В разные годы (в довоенный и военный периоды) кафедрой руководили профессора Н.А. Мамаев, А.В. Лебедев (к сожалению, архивные данные на некоторых сотрудников кафедры не были сохранены). С 1944 по 1946гг. заведовал кафедрой профессор Л.С. Сутулов. В 1947-1952 гг. кафедру возглавил вернувшийся с фронта питомец института доцент М.Б. Новиков.
С 1953 года по 1958 год кафедрой заведовала ученица Б.И. Лаврентьева, лауреат премии Авербаха профессор Н.Г. Фельдман. С 1958-1972 гг. заведующим кафедрой гистологии вновь был избран профессор М.Б. Новиков, после смерти которого с 1973 по 1995гг. кафедру возглавила его ученица профессор Н.С. Сутулова.
С 1996 года по настоящее время руководит кафедрой ученица профессора Н.С. Сутуловой доктор медицинских наук, профессор Л.И. Наумова. С начала 90-х годов кафедра гистологии сотрудничает с кафедрой нормальной физиологии (зав. кафедрой профессор И.Н.Полунин) по изучению онтогенеза ритмообразовательной функции сердца. По данной проблеме в 2000 году защищена канд. диссертация аспирантом О.А. Улыбышевой, в 2002 году доцентом Л.И. Наумовой защищена докторская диссертация “Становление структуры и ритмообразовательной функции сердца в изменённых условиях окружающей среды”. В 2004 году под руководством Л.И. Наумовой были защищены две кандидатские диссертации: аспиранта В.П. Косаревой на тему: “Сравнительная характеристика дифференцировки кардиомиоцитов в процессе нормального эмбриогенеза и при воздействии природного серосодержащего газа”, а также ассистента кафедры Н.В. Милёхиной на тему: “Преобразование области нейромышечного синапса скелетных мышц, участвующих в акте дыхания в постнатальном онтогенезе”, выполненной в сотрудничестве с Ижевской медицинской академией. С 2007 года кафедра сотрудничает с Саратовским медицинским университетом и совместно подготавливает к защите кандидатские диссертации по теме: “Влияние электромагнитного излучения на органы и системы человека и животных”.
