Поскольку кафедра факультетской хирургии является ровесником самого института, их развитие проходило в теснейшей взаимообусловленности. Поэтому прежде, чем описывать историю кафедры, есть необходимость хотя бы кратко остановиться на истории медицинского института в целом.
      Как известно, по декрету, подписанному В.И.Лениным в 1918 году, в стране были открыты несколько высших учебных заведений, в том числе и Университет в г. Астрахани. Предполагалось, что в составе Университета будут три факультета: естественный, агрономический и медицинский. Однако тяжёлое материальное положение того времени и нехватка преподавателей не позволили это сделать с первых дней работы Университета, поэтому студенты-медики первого курса слушали все дисциплины совместно со студентами естественного факультета.
      В конце 1919 года Совету Университета предстояло приступить к организации медицинского факультета, точнее –  его второго курса, где должны были преподаваться медицинские дисциплины. Для этого на вакантные должности преподавателей и заведующих кафедрами кафедр первых трёх курсов были привлечены научные кадры как из Астрахани, так и из других городов (преимущественно – из Саратова). Первыми в Университет прибыли патологоанатомы – профессора Г.В. Шор и И.П.Васильев, хирург – профессор Г.Б. Берлацкий, фармаколог – профессор В.И. Березин, которые приступили к организации соответствующих кафедр. Вскоре прибыли профессор И.А. Голяницкий (на кафедру оперативной хирургии и топографической анатомии), профессор В.И. Мурашов (на кафедру факультетской терапии), дерматовенеролог профессор Н.С.Эфрон, невропатолог профессор Х.И. Топорков и профессор К.Н. Федорович (на кафедру пропедевтической хирургии).
      С осеннего семестра 1920-1921 учебного года стали функционировать все кафедры первых трёх курсов.
В начале 1920-1921 учебного года факультет приступил к созданию клинических кафедр 4-го курса, используя лечебные учреждения, находящиеся в ведении Губернского отдела здравоохранения. Это были: Краевая Советская больница (в последующем – БСМП, а ныне  НУЗ «Медико-санитарная часть») – на 285 коек – старший врач К.К. Григорьев; Городская Центральная больница (ныне – Александро-Мариинская I Областная клиническая больница) на 240 коек – старший врач А.К.Беляева; больница им. Н.А. Семашко (ныне II Областная клиническая больница) на 100 коек – старший П.А.Мышкин,  а также лазареты военно-санитарного ведомства.
      К следующему 1921-22 учебному году все эти кафедры начали свою работу, располагая базой в 600 клинических коек. Одновременно с этим проходила  организация клинических кафедр для пятого курса.
Однако в начале 1922 года в связи с неблагоприятным общим финансовым положением в стране Главпрофобром было решено Астраханский Университет закрыть, а медицинский факультет преобразовать в самостоятельный институт, обосновав его целесообразность и необходимость сложной санитарно-эпидемической обстановкой в Астраханском крае.
      Таким образом, формирование кафедры факультетской хирургии (тогда – хирургии№1) – 1921-1922 учебный год – практически совпадает с образованием Астраханского медицинского института как самостоятельного высшего учебного заведения.
      В 1922 году на первый курс мединститута было принято 230 студентов, а всего на пяти курсах числилось 830 студентов, из них – 75% женщин. Надо сказать, что преподавателей с медицинским образованием было только 62, а с 1923 года обучение студентов было платным.
Клиника факультетской хирургии была открыта в главном корпусе больницы им. Н.А. Семашко (бывшая больница «Красный крест», а ныне II Областная клиническая больница). Первоначально для кафедры было отведено 4 хирургические палаты: две в нижнем и две – в верхнем этажах здания. Персонал кафедры тогда состоял из заведующего (директора) –  профессора Ильи Александровича Голяницкого, одного ассистента В.И.Никифорова и одного ординатора В.А.Глушенко. По штату на кафедре должны были работать 2 ассистента и 2 ординатора, однако из Саратова не прибыли избранные по конкурсу доктор Крепкогорский и ассистент А.Н. Бакулев (в последующем –  крупный учёный-хирург, академик, именем которого назван институт сердечно-сосудистой хирургии АМН СССР в Москве).
      Обслуживающий персонал кафедры состоял из больничных работников (1 фельдшер, 2 сестры милосердия и 5 сиделок). Поскольку в больнице работало ещё одно (неклиническое) хирургическое отделение, у кафедры имелась отдельная перевязочная и собственная лаборатория. Работа в клинике велась с 9 до 16-17 часов, а вечером в 20-22 часа делался обход ассистента или ординатора. Операции проводились 4 раза в неделю, а два дня (вторник и пятница) были лекционными. За первое полугодие работы кафедры было пролечено 216 больных и выполнено 205 операций под масочным (хлороформ, эфир) наркозом или местным (кокаин + адреналин) обезболиванием.
      Следует отметить, что уже в то время оперативная активность клиники была высокой как в количественном, так и в качественном отношении. В этот период в клинике выполнялись операции не только по поводу острого аппендицита, различных вентральных грыж и геморроя, но и рака губы, молочной железы, желудка (2 резекции), язвенной болезни (8 гастроэнтероанастомозов), холецистита (5 холецистэктомий и 4 холецистостомии), варикоза вен конечностей, а также много операций на опорно-двигательном аппарате, в том числе и в связи с костным туберкулезом. Поликлинические занятия со студентами  проводились в больничной амбулатории, где за первые полгода работы кафедры было принято более 2000 больных.
      В те годы в уездных и участковых больницах из-за их маломощности и бедности оснащения хирургическая деятельность была очень скромной. Самой крупной из уездных больниц была Красноярская – 35 коек и Енотаевская – 25 коек. Четыре больницы имели по 15 коек (Никольская, Балхунская, Чаганская, Трусовская №1) и Трусовская №2 – 20 коек. Все остальные 16 участковых больниц имели по 10 коек. В 1922 году из 193 врачей, работавших в Астраханской губернии и Калмыкии, земских хирургов было всего 6.
      С весны 1923 года вся больница им. Н.А. Семашко была передана под клиники мединститута «на началах самоокупаемости», поэтому амбулаторный приём вели только сотрудники кафедры. С сентября 1922 года лечение было платным – с нетрудового элемента взималось 100 рублей за сутки стационарного лечения и 30 рублей – за амбулаторный приём. Естественно, эти меры были вызваны крайне тяжёлым финансовым положением страны вообще и института в частности. С застрахованных и работающих плата не бралась, за них платило производство. Также не взималась плата за лечение инфекционных больных. Преподаватели института и врачи находились в тяжёлом материальном положении. Так, зарплата главного врача больницы составляла 290 рублей, а высококвалифицированного преподавателя института – 200 рублей в месяц.
      Несмотря на огромные трудности того времени, на кафедре велась активная научная работа. Надо сказать, что до создания университета и института выразителем научной медицинской мысли в Астрахани было общество Астраханских врачей, насчитывавшее около 50 лет существования и имевшее свой печатный орган «Известия общества Астраханских врачей». С 1914 года работа общества замерла из-за ухода большинства врачей на войну. Попытка оживить его в 1919 году не увенчалась успехом. Только с открытием медицинского факультета было организовано научное общество клинической и теоретической медицины, которое возглавил проф. И.А. Голяницкий. Товарищем (заместителем) председателя стал проф. С.И. Баккал, секретарями –  д-р Ф.М. Топорков и д-р В.Н. Никифоров, казначеем –   Г.Г. Непряхин. Профессор И.А. Голяницкий был одним из редакторов Астраханского медицинского журнала – печатного органа возглавляемого им научного общества.
      За первое полугодие было опубликовано 10 научных статей и несколько интересных демонстраций больных на медицинском обществе Астрахани. Профессор И.А.Голяницкий в 1922 году был одновременно и директором ортопедической клиники, где у него был ординатором Е.В.Смирнов, перешедший в последующем ассистентом на кафедру факультетской хирургии. И.А. Голяницкий заложил практические основы ортопедии в Астрахани, которые в последующие годы успешно разрабатывались проф. Н.Г. Лычмановым и его последователями.
Профессор И.А. Голяницкий был человеком высокой культуры и эрудиции. Он часто возглавлял различные комиссии Губернского здравоохранения. Так, работавшая под его председательством комиссия предложила использование курорта «Тинаки» для лечения больных свищевыми формами костного туберкулёза. В 1923 году руководство обществом он передал профессору В.И. Беляеву, а через год оставил кафедру и выехал из Астрахани.
      С 1925 г. кафедра перебазировалась в больницу им. Астраханского пролетариата (бывшая Александровская, Центральная городская, а ныне – Александро-Мариинская областная клиническая больница), где ее возглавил известный в нашей стране и за рубежом профессор А.Г. Бржозовский.
 Антон Григорьевич Бржозовский вышел из земских хирургов, много лет работал в г. Хвалынске, активно занимался научной работой. На заведование кафедрой хирургии вновь созданного мединститута в Астрахани его рекомендовали профессора С.И. Спасокукоцкий и В.И. Разумовский, которые характеризовали А.Г.Бржозовского как крупного хирурга земской медицины. Среди медицинского мира Поволжья А.Г. Бржозовский был известен как прекрасный диагност не только в хирургии, но и в смежных с ней областях. В своей научной и практической работе Антон Григорьевич проявил наибольший интерес к заболеваниям желчных путей, разрабатывая вопросы тактики и лечения этой патологии. Много внимания он уделял и другим разделам хирургии. В частности, он первый в нашей стране описал концевые аневризмы и один из первых успешно выполнил операцию межподвздошно-брюшного вычленения при саркоме бедра. А.Г.Бржозовский был прекрасным педагогом, и накопленный им опыт позволил ему написать учебник «Частная хирургия» для студентов медицинских институтов, выдержавший несколько изданий в СССР и Болгарии.
      В 1929 г. Антон Григорьевич оставил кафедру, а на его место в 1930 г. был избран не менее известный профессор Е.Л. Берёзов.
Ефим Львович Берёзов получил медицинское образование в Швейцарии, затем закончил ординатуру у профессора П.А. Герцена и работал ассистентом у С.И. Спасокукоцкого в Саратове. Профессор Е.Л. Берёзов активно и успешно разрабатывал вопросы желудочной хирургии. Он впервые в Астрахани  стал широко внедрять резекции желудка при язвенной болезни. К 1936 году в клинике было выполнено 177 таких резекций. Им были разработаны показания и методы производства тотальной и расширенной резекции при раке желудка. Выполнение таких сложных операций в те годы требовало обязательного переливания крови, в связи, с чем Ефим Львович организовал при кафедре филиал центрального института гематологии и переливания крови. Практическую работу в этом филиале вели его ученики А.Я. Галушко и А.И. Богатов. В своих воспоминаниях А.И.Богатов рассказывает, как, читая лекции врачам города и убеждая их в безопасности переливания крови, проф. Е.Л.Березов демонстрировал выполнение этой процедуры на себе и своих сотрудниках. При Ефиме Львовиче произошло объединение кафедр факультетской и общей хирургии, после чего она стала называться кафедрой хирургии №1, расширившись до 100 коек. Ефим Львович Берёзов очень активно работал и в научном направлении: им подготовлено несколько докторов и кандидатов наук (Д.Г. Ойстрах, В.М. Баль, Н.Г. Лычманов, А.Я. Галушко, Е.В. Смирнов, А.В. Величко, Е.Л. Каршина, А.А. Вихман и др.), им издано 2 монографии по вопросам желудочной хирургии. В 1936 году Ефим Львович уехал в Горьковский медицинский институт, где проработал до конца своей жизни.
      После Е.Л. Берёзова непродолжительное время (1936 – 1939 гг.) кафедрой заведовал ученик Н.Н. Бурденко – профессор А.И. Миронов, который в эти годы был директором мединститута. Профессор А.И. Миронов занимался хирургическим лечением эхинококкоза и абсцессов лёгких, он сделал первые попытки развития лёгочной хирургии в Астрахани. Его перу принадлежит монография «Экспериментальный абсцесс легкого», изданная в Москве в 1939 году.
      В 1939 году кафедру принял новый директор мединститута – профессор А.М. Аминев. Александр Михайлович был разносторонним хирургом. Он разрабатывал и внедрял в практическую медицину лапароскопическое исследование при заболеваниях органов малого таза и широко изучал патологию прямой кишки. В 1942 году А.М. Аминев ушёл на фронт в качестве главного хирурга 28-й армии, сформированной в Астрахани. В послевоенные годы он стал одним из ведущих проктологов страны. Работая в последующем в г. Куйбышеве, он подготовил и опубликовал фундаментальное руководство по проктологии в пяти томах и создал известную в стране и за рубежом школу проктологов.
      С сентября 1942 по октябрь 1943 года кафедра (без заведующего) в составе института находилась в эвакуации в г. Барнауле. После возвращения из эвакуации, непродолжительное время, кафедру возглавлял доцент Е.В. Кряжимский, а затем кафедру принял профессор Х.Ф. Каплан, который заведовал ею до 1954 года. Как и для всей страны, эти годы были наиболее тяжёлым периодом для кафедры и всего института. Война и эвакуация привели к большим людским и материальным потерям. Потребовались огромные усилия, чтобы компенсировать потерю преподавателей, учебных пособий кафедры и половины библиотечного фонда института.
Профессор Х.Ф. Каплан отличался особым талантом в организации учебного процесса. Высокая культура и яркий талант лектора привлекали врачей и студентов к активному посещению его лекций, которые в то время имели особое значение из-за большого дефицита учебников. В лечебных вопросах профессор Х.Ф.Каплан занимался общей хирургией и ортопедией, за каждый год в клинике выполнялось от 600 до 1000 различных по сложности операций. Одновременно с заведованием кафедрой Х.Ф.Каплан длительное время являлся главным хирургом области. В 1954 году профессор Х.Ф.Каплан уехал в г. Запорожье, а кафедру в течение одного года возглавлял д.м.н. В.В. Добрин.
      В 1957 году заведующим кафедрой был избран ученик профессора Е.Л. Берёзова, выпускник Астраханского мединститута профессор А.Я. Галушко. В Астрахань Александр Яковлевич возвратился из Китая, где он во время Великой Отечественной войны был советником по медицинским вопросам. В Китае он составил и опубликовал учебник по хирургии и монографию «Военная травма» на китайском языке. Профессор Галушко занимался абдоминальной хирургией, а в научном плане – проблемами резекции печени. К сожалению, Александр Яковлевич недолго проработал на кафедре, в 1958 году он умер от инфаркта миокарда.
После проф. А.Я.Галушко около года кафедрой заведовал доцент Д.Д. Мурванидзе. Доцентом Д.Д. Мурванидзе были заложены основы современной урологии в Астрахани, и, благодаря его усилиям, было построено новое здание лаборатории вивария на 40 животных.
      С 1959 по 1960 год должность заведующего кафедрой  занимал профессор А.А.Козырев: блестящий лектор и крупный хирург-теоретик, занимавшийся вопросами лёгочной патологии, зоба и кишечной непроходимости. Во время Великой Отечественной войны он был главным хирургом армии. Ввиду преклонного возраста и непродолжительности работы в Астрахани, он, как и д.м.н. Добрин В.В., не оставил заметного следа в научной работе кафедры. Однако оперативная деятельность клиники продолжала расширяться за счёт внедрения операций на кардии желудка, пищевода (зав. отделением – Ф.Ф. Белоярцев) и мочевых путях (доц. Д.Д. Мурванидзе).
      После профессора А.А.Козырева также непродолжительное время (1961 – 1962 год), кафедрой заведовал профессор Н.А. Телков. Николай Александрович был хирургом широкого профиля, активно занимался хирургией желудка, печени, щитовидной железы. Им были созданы и внедрены в практику специальные наборы инструментов, предназначенные для выполнения резекции желудка, печени, щитовидной железы, позволяющие выполнять эти операции асептично и с наименьшей кровопотерей.
      В период с 1962 по 1978 год кафедру возглавлял профессор А.И. Богатов, ученик профессора Е.Л. Берёзова. Андрей Иванович, окончив Астраханский медицинский институт в 1932 году, непродолжительное время работал старшим инспектором сектора планирования Здравоохранения РСФСР, а затем преподавателем кафедры Марксизма-Ленинизма Астраханского института. После окончания ординатуры у профессора Е.Л. Берёзова, в связи с событиями у озера Хасан, а затем военными действиями с Финляндией, Андрей Иванович стал военным хирургом. Во время Великой Отечественной войны, работая в эвакогоспиталях различных фронтов, защитил кандидатскую диссертацию по травматическим аневризмам подключичных сосудов. В Астрахань Андрей Иванович возвратился в 1946 году и был избран доцентом кафедры госпитальной хирургии по курсу военно-полевой хирургии. С 1951 и до 1962 гг. он заведовал кафедрой общей хирургии Астраханского мединститута.
      Описание кафедры будет неполным, если не вспомнить добрым словом доцентов, ассистентов, работавших в разные периоды её истории и внесших определённый вклад в развитие кафедры и хирургической помощи в Астрахани. Так, при профессоре И.А. Голяницком активно и плодотворно в научном и практическом плане работали ассистенты Е.В.Смирнов, В.И.Никифоров, Н.Г. Лычманов. В последующие годы они стали профессорами и возглавили хирургические кафедры в Астрахани, Москве, Ленинграде. При профессоре А.Г. Бржозовском в коллектив кафедры пришли В.П. Березенцев, Г.Д. Вилявин, С.А.Галактионов, Н.И.Сорокин, Л.Ф.Келлер, М.Калиновский, Т.М. Красовская.
В период работы профессора Е.Л.Берёзова произошло объединение с кафедрой общей хирургии. На кафедре работали: В.М. Баль, А.А. Вихман, А.Я.Галушко, А.В. Беличенко, Б.Е. Хаскин, Д.С. Кашкаров, Г.М.Грач, Т.Смирнова, В.И.Беляев, А.Л. Долинский, А.И.Богатов, М.С. Дементьева. Часть этого коллектива оставалась работать и при профессоре А.М. Аминеве (после отделения кафедры общей хирургии в 1940 году).
      Великая Отечественная война, эвакуация института и возвращение его обратно привели к обновлению состава кафедры. Многие ассистенты были практическими врачами-совместителями. Так, при профессоре Х.Ф.Каплане на кафедре работали: Ф.П. Кюфаров, Ю.М. Дитман, Л.Л. Слувко, С.С. Ермилин, Е.В. Кряжимский, А.С. Рудан, Е.Н. Колоколова, Н.М.Антонов. В период работы профессора А.А.Козырева и Н.А. Телкова на кафедру пришли: доцент Д.Д. Мурванидзе, ассистенты Ф.Ф. Белоярцев и Г.П.Мочалов. Большинство из этих людей прошли трудный путь военного хирурга, многие из них известны, как основатели врачебных династий нашего города.
После отъезда доцента Д.Д. Мурванидзе в Грузию курс урологии кафедры возглавил Н.М.Антонов. Ассистенты Ф.Ф. Белоярцев, Е.Н. Колоколова и А.С. Рудан проработали на кафедре недолго: Ф.Ф. Белоярцев перешёл на кафедру госпитальной хирургии, а А.С. Рудан и Е.Н. Колоколова – на кафедру нормальной анатомии.
      С приходом на кафедру в 1962 году профессора А.И.Богатова в составе кафедры вновь произошли изменения. Из прежнего коллектива остались Н.М.Антонов и Г.П.Мочалов,  были избраны ассистентами А.С. Домрачев, В.У.Фетисов и А.В. Макаров. В 1965-1970 гг., после защиты кандидатских диссертаций и в период работы над ними, стали работать ассистентами П.А. Иванов, Ю.Н.Халов, Л.К.Станкевич, С.П.Рябинин, Д.Г.Мустафин, М.Р.Панькова, Р.Ф.Силищев, В.М.Мельман, В.В.Горшков, а также практические врачи Н.Г.Кочетов и В.С.Кондрашов. Вскоре в связи с открытием педиатрического факультета количество сотрудников кафедры вновь уменьшилось. К 1974 году в составе кафедры работали: профессор А.И. Богатов, доцент  П.А. Иванов, ассистенты Д.Г. Мустафин, М.Р. Панькова, С.П. Рябинин, Р.Ф. Силищев, Ю.Н. Халов.
      Этот период занимает в истории кафедры особое место. Благодаря инициативе профессора А.И.Богатова, его энтузиазму, настойчивости и требовательности к себе и коллективу, в областной Александро-Мариинской больнице открылись новые отделения торакальной хирургии (зав.отд. – В.Ф.Колесников), сосудистой хирургии (зав.отд. – В.М.Минский), отделение эндоскопической диагностики (зав.отд. – О.Н.Скрижалин).
      Новизна решаемых проблем стала мощным магнитом для молодых талантливых хирургов-исследователей. Сюда с учителем перешли на работу к.м.н. А.С.Домрачев, врачи А.А.Пикалов, И.П.Суслов, Р.Ф.Силищев, аспиранты П.А.Иванов, И.Ф.Сердюков, Л.К.Станкевич, Ю.Н.Халов, С.П.Рябинин, занявшиеся экспериментальной разработкой научных проблем по двум основным для клиники направлениям – сердечно-сосудистой и трахео-бронхиальной хирургии. Прошли подготовку в клинической ординатуре известные врачи В.Б.Прокофьев, М.Р.Панькова. К.М.Закляков, В.И.Гонтарев, П.Н.Злыгостев. Именно в этот период в Александро-Мариинской больнице сконцентрировалась хирургическая  элита Астрахани (профессор А.И.Богатов, заслуженный врач РФ главный хирург области Л.Л.Слувко, заслуженный врач РФ В.Ф.Колесников, доцент П.А.Иванов), которые своим профессионализмом, трудолюбием, самоотдачей, добротой и порядочностью создали высокий авторитет больницы у населения города и области и на протяжении многих лет служили примером подражания для новых поколений хирургов клиники. Много лет и энергии Андрей Иванович отдал подготовке хирургических и научных кадров. Под его руководством защищены 5 докторских и 17 кандидатских диссертаций. А.И.Богатов – автор монографии, двух сборников, более 100 других научных работ.
В течение этого периода своей истории кафедра факультетской хирургии стала инициатором и организатором проведения в Астрахани крупных научных форумов:
1.   Выездная научная сессия проблемной комиссии «Торакальная хирургия» (председатель – академик  М.И.Перельман) и Всесоюзного научного Центра хирургии (директор – академик Б.В. Петровский) – 1965 г.;
2.   Всесоюзная конференция «Отдаленные результаты хирургии язвенной болезни желудка» (1968 г.);
3.   Выездная научная сессия Института Скорой Помощи им. Н.В.Склифосовского (г. Москва) по проблемам острой кишечной непроходимости (1971 г.)
      В разные годы ученики А.И.Богатова стали возглавлять кафедры хирургического профиля в мединституте, медицинской академии. Среди них доцент Л.М.Евтушенко, профессор А.С. Домрачев (общая хирургия), доцент Г.П.Мочалов (организатор кафедры хирургии педиатрического факультета), доцент Иванов П.А. (факультетская клиника), доцент Е.И.Горбунов (кафедра онкологии), доцент Н.М.Антонов (курс урологии), доцент А.В.Макаров (детская хирургия), профессора Ю.Н.Халов и Д.Г. Мустафин (факультетская клиника). Р.Н.Величко, защитив кандидатскую диссертацию, перешла в клинику детской хирургии, где возглавила раздел детской торакальной хирургии и стала наставником для всех специалистов, занимающихся бронхоскопией у пациентов детского возраста. С.А.Камалетдинов, выполняя диссертационное исследование по проблемам рака легкого в Астраханском регионе, возглавил вновь организованное отделение торакальной онкологии в областном онкологическом диспансере. С.П.Рябинин – один из наиболее опытных хирургов и педагогов-наставников клиники – перешел на работу на вновь организованную кафедру хирургических болезней педиатрического факультета. Л.К.Станкевич после завершения работы над кандидатской диссертацией перешла на работу ассистентом кафедры госпитальной хирургии.
      Научную, практическую и педагогическую деятельность А.И. Богатов успешно сочетал с большой общественной работой: заведовал горздравотделом, был главным хирургом Астрахани, Нижневолжского водздравотдела, многие годы являлся бессменным председателем областного научного общества хирургов. С 1985 г. Андрей Иванович, будучи на заслуженном отдыхе, продолжал поддерживать связь с клиникой, хирургическим обществом, будучи его почётным председателем. Несмотря на свой возраст и солидный жизненный опыт он, к всеобщему удовольствию, сохранял ясность ума, обаяние, веселый нрав и живой дух молодости. Он подготовил и выпустил две монографии, отражающие его жизнь и путь в медицине: «Страницы жизни и творчества хирурга» (2001 г.), «Путь хирурга» (2002 г.).
      Даже в последние годы, несмотря на тяжёлый недуг, он оставался человеком с активной жизненной позицией, переживающим за жизнь его родного коллектива. Жизнь А.И.Богатова оборвалась 10 марта 2005 года.
      С ноября 1978 года и до октября 1988 года кафедрой заведовал ученик А.И. Богатова доцент П.А. Иванов, который после 13 лет практической работы закончил очную аспирантуру (1965г.) и, защитив кандидатскую диссертацию «Применение лавсана для пластики грудного отдела трахеи в эксперименте», стал работать ассистентом кафедры. Петр Андреевич, будучи хирургом широкого профиля, занимался различными разделами хирургии: грудной клетки (пластика трахеи), хирургии желудка и толстой кишки. Им был разработан новый метод закрытия широких пищеводно-трахеальных свищей, модификации гастро- и холецистостомы. В последующие годы наибольшее внимание он уделял хирургии жёлчных путей. За годы его руководства кафедрой тактика при этой патологии в клинике стала более активной и количество данных операций увеличилось вдвое. Доцент П.А.Иванов впервые в СССР выполнил резекцию шейки желчного пузыря при хроническом «шеечном» холецистите.
      За эти годы клиническая база кафедры расширилась до 215 коек за счёт открытия проктологического отделения (заведующий – В.А. Гусаров) и расширения отделения хирургии сосудов до 70 коек (заведующий – К.И.Закляков). Помимо этого была создана эндоскопическая служба: вначале – кабинет, а затем – первый в области эндоскопический центр (заведующий – О.Н. Скрижалин), а также ангиографический кабинет (заведующий кабинетом – В.А. Саляйкин). Это позволило увеличить количество восстановительных и реконструктивных операций на аорте, магистральных артериях, почечных и сонной артериях.
      В четырёх отделениях клиники ежегодно выполнялось более 2000 операций различной сложности, из них около 800 по срочным показаниям, более 60 резекций желудка и органосохраняющих операций на нём, свыше 150 операций на печени и жёлчных путях, более 150 операций на щитовидной железе и другие операции на органах брюшной полости и костно-мышечной системе. В отделении грудной хирургии выполнялось до 200 операций на лёгких, плевре, пищеводе, средостении. Успешно начато специализированное лечение сложных и тяжёлых больных с хирургическим сепсисом с применением разработок кафедры. Успешно осуществлялись эндоваскулярные и эндоскопические вмешательства и исследования. Более 500 операций выполнялось в проктологическом отделении. Всё это способствовало повышению авторитета клиники среди населения города и области.
Наличие разнообразного контингента больных, специализированная подготовка преподавателей создали благоприятные условия на кафедре для проведения полноценного учебного процесса по любой теме программы преподавания хирургии для студентов 4 и 5 курсов.
      С 1984 года, в связи с переходом института на новый план обучения, кафедра стала именоваться кафедрой хирургических болезней № 1, а в 1988 году в её состав вновь введён курс урологии.
      Доцентом П.А. Ивановым велась активная работа по возрождению кардиохирургии в г. Астрахани, для чего на базе центральных институтов Москвы были подготовлены в целевой аспирантуре специалисты по сосудистой (асс. В.И. Ермолаев – с 1980 г., защитивший кандидатскую диссертацию по хирургии аневризмы аорты) и сердечной (асс. С.П. Иванов) хирургии. В 1986 году начаты операции на сердце (митральная комиссуротомия, перевязка артериального протока, имплантация электростимуляторов. В мае 1989 года ассистентом к.м.н. С.П. Ивановым успешно начаты первые в Астрахани операции в условиях искусственного кровообращения (протезирование клапанов сердца, удаление внутрисердечной опухоли). Им были подготовлены к самостоятельной работе в составе хирургической бригады  перфузиологи В.Д. Мустафин и К.К. Закляков. К 2003 году количество выполненных операций на сердце с применением искусственного кровообращения превысило 100.
      В 1988 году на заведование кафедрой назначен Ю.Н. Халов, который, будучи ассистентом кафедры, подготовил к защите докторскую диссертацию «Хирургия длительных изолированных и комбинированных окклюзий бронха и лёгочной артерии (в экспериментальном освещении)». В 1990 году он её успешно защитил. Юрий Николаевич Халов заведовал кафедрой до 2001 года.
      В 1989 году курс урологии выделился в самостоятельную кафедру, которую возглавил проректор по научной работе, профессор В.М. Мирошников.
Таким образом, к началу 90-х годов на кафедре работали: заведующим – профессор Ю.Н.Халов (одновременно исполнявший обязанности декана лечебного факультета), доцентами – Д.Г.Мустафин, Р.Ф.Силищев; ассистентами – С.П.Иванов, защитивший к этому времени докторскую диссертацию по коррекции трёхклапанных пороков сердца, к.м.н. М.Р.Панькова и В.И.Ермолаев.
      Это были трудные годы для нашей страны и здравоохранения в целом. Заморожено строительство нового хирургического корпуса I Областной больницы, в одночасье и практически повсюду проявился дефицит денежных средств на лекарства, аппаратуру, оборудование, возникли проблемы с выплатой заработной платы работникам бюджетных организаций. Однако, сотрудники клиники добросовестно выполняли свои обязанности, с пониманием относились к сложившейся ситуации. Продолжались занятия со студентами, в клинике по-прежнему велась большая лечебная работа, выполнялись операции, проводились научные исследования. Тематика основных научных работ, проведённых на кафедре по хирургии рака пищевода, кардиоэзофагеального рака, желудочной эзофагопластике, хирургии прямой и ободочной кишки – соответствовала основным направлениям НИР медакадемии, оставалась актуальной и содержала элементы новизны. Несмотря на трудное для научных исследований время, сотрудниками кафедры за эти годы было опубликовано 56 научных работ и защищены 4 диссертации, в том числе докторская диссертация доцента Д.Г. Мустафина «Поражение лёгких при сепсисе»  (1993).
      К этому времени кафедра продолжала располагаться на базе 4-х специализированных отделений на 205 коек (хирургических – 60, торакальных – 40, сосудистых – 60, проктологических – 45), имела 3 учебных комнаты, лекционный зал, кабинет заведующего, раздевалку для студентов. До 1999 года имелась экспериментальная лаборатория с виварием. Отделения клиники, на которых базировалась кафедра, относительно неплохо были обеспечены современным диагностическим и лечебным оборудованием: рентгенотелевизионной аппаратурой, аппаратурой для производства ангиографических исследований, ультразвуковым томографом, флоуметром,  фиброволоконными эндоскопами, лапаро- и торакоскопом, лазерным и ультразвуковым скальпелем, операционным микроскопом, видеолапароскопической стойкой, барокамерами. В 1993 году в клинике впервые в городе стали выполняться эндовидеохирургические операции (хирурги А.Т.Шамгунов, прошедший специальную подготовку в г.Казани). )В 1994 году доцент Д.Г. Мустафин стал профессором кафедры, а в 1998 году ассистент кафедры канд. мед. наук М.Р. Панькова перешла на должность хирурга-эксперта организационно-методического отдела больницы (вскоре она переехала в Москву, но до настоящего времени не теряет связи с коллективом клиники). В этом же году на кафедру ассистентом зачислен А.И. Касьянов, который проработал до ноября 2001.
      В течение короткого промежутка времени (с 2000 по июль 2002 г.) на кафедре работал д.м.н. А.Е. Сухарев. Это был короткий период, когда курс онкологии входил в состав кафедры факультетской хирургии.
17 июня 2001 года скоропостижно умер заведующий кафедрой, д.м.н., профессор Ю.Н. Халов. С июня 2001 года заведующим кафедрой стал профессор Д.Г. Мустафин.
Профессор Мустафин Дамер Гибатович, 1938 года рождения, в 1962 году окончил  Астраханский государственный медицинский институт. В течение 6 лет работал хирургом, главным врачом Володарской больницы Астраханской области; с 1968 г. по 1970 г. – хирург отделения грудной хирургии 1-ой областной клинической больницы.
С 1970 г. по настоящее время работает в Астраханской медакадемии, пройдя за 35 лет путь от ассистента, доцента, профессора кафедры до заведующего кафедрой. Выполнил и защитил кандидатскую диссертацию «Стафилококковая пневмония у взрослых» (1975) и докторскую диссертацию «Поражение легких при сепсисе» (1993). Его учителями, консультантами на этом пути были профессор Андрей Иванович Богатов, Сергей Алиевич Гаджиев (г. Ленинград), лауреат Государственной премии, профессор Александр Александрович Вишневский – мл. (г. Москва).
Автор 142 научных работ, из них 41 статья опубликована в центральных медицинских журналах. В соавторстве с А.И.Богатовым издана монография «Осложненная стафилококковая пневмония у взрослых» (1984). За время работы на кафедре посетил многие ведущие хирургические учреждения России и СССР (Москва, Ленинград, Киев, Тбилиси, Казань, Горький), а также зарубежные хирургические клиники (Франция – Брест, Германия – Кёльн). Работы по хирургии пищевода были представлены на международном конгрессе во Франции (Брест, 1993) и 54-м  конгрессе торакальных хирургов Японии (Осака, 2001). С его участием выполнены 1 докторская и 5 кандидатских диссертаций.
      В сентябре 2002 года на кафедру ассистентами зачислены кандидат медицинских наук Г.И.Коломин, проработавший до октября 2005 года, и В.О.Скрижалин, защитивший в 2003 году кандидатскую диссертацию.
Для выполнения задач по освоению хирургии высоких технологий заведующим кафедрой Д.Г. Мустафиным по согласованию с ректоратом АГМА предприняты дальнейшие шаги для укрепления специализированной лечебной помощи в клинике. На должность доцента избран в 2006 году В.И.Ермолаев, длительное время курирующий проблемы ангиохирургии. Приглашён на должность доцента Н.В.Костенко, который в течение 15 лет работал научным сотрудником НИИ проктологии (г. Москва) под руководством ведущего колопроктолога страны – академика Г.И.Воробьёва. В 2007 году приглашён на должность профессора кафедры Р.Д.Мустафин, также являющийся воспитанником клиники факультетской хирургии. Им был пройден путь сельского врача, дежуранта областной больницы, ассистента госпитальной клиники. В 1996 году после стажировки в хирургической клинике г. Брест (Франция) он под руководством проф. Ю.Н.Халова защитил кандидатскую диссертацию по пластике пищевода желудком, а в 2004 году под руководством профессора В.Е.Кутукова на материале факультетской и госпитальной хирургических клиник – докторскую диссертацию «Современные подходы и медицинские технологии в лечении распространенного перитонита».
      За это время по согласованию с администрацией АМОКБ (главный врач – заслуженный врач РФ Н.И.Кабачек) к выполнению диссертационных работ на кафедре были привлечены пять молодых специалистов-хирургов.
В 1998 году заслуженного преподавателя АГМА присвоено доценту Р.Ф. Силищеву, а 2005 году – заслуженного профессора АГМА профессору Д.Г. Мустафину.
      Играя весомую роль в оказании специализированной хирургической помощи населению, сегодня факультетская клиника является ведущей хирургической базой академии по преподаванию частной хирургии. Наличие большого числа пациентов с разнообразной патологией и специально подготовленных преподавателей и сотрудников клиники в сочетании с достаточным количеством учебных комнат и двух лекционных аудиторий создает благоприятные условия для обеспечения полноценного учебно-педагогического процесса на 4-ом курсе по любой теме программы частной хирургии. Ежегодно в клинике проходят общехирургическую подготовку от двух  до пяти клинических ординаторов и интернов. Помимо этого, кафедра получила разрешение на проведение первичной специализации по торакальной хирургии, которую в 2007 году прошли 4 врача-хирурга. Периодически проводятся циклы и семинары по сосудистой и торакальной хирургии для ординаторов-хирургов академии на безвозмездной основе. С 2001 по 2008 гг. на кафедре через клиническую ординатуру и интернатуру подготовлена, принята на работу и успешно трудится большая группа (фактически – это новое поколение хирургов):  в хирургическом отделении – А.В.Галасьев, М.С.Савенков, И.А.Малафеев, Р.Е. Рудык, в торакальном – Е.В.Анискевич, А.С. Иванов, в сосудистом – К.А. Егоров, С.В. Полетаева, в проктологическом – В.Ю. Халов.
Сегодня в клинике факультетской хирургии работают 2 профессора: зав. кафедрой Д.Г. Мустафин, проф. Р.Д. Мустафин; 3 доцента: заслуженный преподаватель АГМА Р.Ф. Силищев – заместитель по учебно-воспитательной работе, В.И. Ермолаев, Н.В. Костенко; ассистент, к.м.н. В.О. Скрижалин. Ещё 5 кандидатов и 1 доктор наук, 2 заслуженных врача РФ работают в отделениях клиники. Хирургическую службу в ранге заместителя главного врача в АМОКБ с 1989 года и по настоящее время возглавляет заслуженный врач РФ, к.м.н. А.И. Воробьёв, защитивший в 2007 году кандидатскую диссертацию «Операция Льюиса при раке пищевода».
       Для реализации учебной программы кафедры ведущим остаётся отделение общей хирургии, история которого заслуживает особой страницы. Оно существует с 1882 года. Первыми организаторами отделения были врачи А.П. Дакнычер и Н.М. Никольский. Длительное время отделение возглавляли заслуженные врачи РФ Л.Л. Слувко и В.Л. Слувко. Леон Людвигович Слувко был главным хирургом Облздравотдела и по совместительству некоторое время работал ассистентом кафедры факультетской хирургии. Воспитанниками этого отделения являются практически все хирурги районных больниц Астраханской области. Большую помощь в становлении хирургической службы районов области оказывали наиболее опытные «борт-хирурги» санитарной авиации – Е.Л.Мерман, А.А.Саляйкин, Г.А.Востоков, А.А.Пикалов, В.Б. Прокофьев, В.А.Гусаров. Пионерами освоения и внедрения интубационного наркоза в клинике были В.М. Минский, Г.П. Мочалов, Л.И. Зубанкова.
      В настоящее время хирургическое отделение возглавляет один из наиболее опытных специалистов П.С. Кирносов, многие годы проработавший ведущим хирургом отделения, он также является воспитанником факультетской хирургической клиники.
Колопроктологическое отделение существует с 1982 года. До 1986 года отделением заведовал В.А. Гусаров. В настоящее время его возглавляет к.м.н., заслуженный врач РФ В.И. Есин, выполняющий докторскую диссертацию по неотложной хирургии рака ободочной кишки. В отделении много лет работает к.м.н. Е.В.Тарала, активно участвующая не только в лечебной работе клиники, но и проводящая практические занятия со студентами, близка к завершению кандидатская диссертация врача отделения К.Н. Гришина.
      Одной из основных научно-педагогических баз клиники является торакальное хирургическое отделение. С момента открытия его в 1967 году его возглавлял заслуженный врач РФ, участник Великой Отечественной войны В.Ф. Колесников. Первыми ординаторами отделения были Р.Ф. Силищев, И.П. Суслов, Д.Д. Добров, Р.Н. Величко, несколько позже – С.А. Камалетдинов, В.Н. Рыжков. Сейчас отделением заведует П.Н. Злыгостев, который вместе с заведующим кафедрой работает над повышением квалификации и освоением современных технологий, сменившимся поколением торакальных хирургов. Вопросы кардиохирургии продолжает курировать д.м.н. С.П. Иванов.
      В 1988 году в отделении впервые в Астрахани был внедрен метод ультрафиолетового облучения аутокрови у больных тяжелой хирургической инфекцией и сепсисом на аппарате «Илольда МД-73» (С.П.Иванов, Д.Г.Мустафин). В кардиоцентре г. Каунаса (Литва) по вопросам  проведения электрокардиостимуляции при нарушениях сердечного ритма прошли врачи отделения А.Н.Соболев и Е.А.Орлова. Накопленный опыт отделения послужил основой для выполнения только за последнее десятилетие 7 кандидатских диссертаций по различным проблемам хирурги пищевода при раке, рубцовых стриктурах, травматических повреждениях: Р.Д. Мустафиным «Сравнительная оценка вариантов желудочной эзофагопластики», В.Д. Мустафиным «Чрезплевральные операции при кардиоэзофагеальном раке», Талатом Хамадом «Повышение жизнеспособности желудочных трансплантатов при эзофагопластике с применением перфторана», В.О. Скрижалиным «Повышение жизнеспособности трансплантатов из илеоколон при пластике пищевода с применением перфторана», Е.В. Булгаковым «Клинико-функциональная оценка различных вариантов эзофагогастропластики», Д.А. Харитоновым «Профилактика и лечение осложнений травмы пищевода инородними телами», А.И.Воробьёвым «Операция Льюиса при раке пищевода».
      За разработку и внедрение современных технологий в восстановительной хирургии пищевода сотрудники кафедры (проф. Д.Г. Мустафин и Р.Д. Мустафин) и АМОКБ (к.м.н. А.И. Воробьёв) впервые в 2008 году удостоены звания «Лауреат премии губернатора Астраханской области по науке и технике».
Отделение хирургии сосудов, организованное с 1974  по 1977 г. возглавлял В.М. Минский, а с 1977 года по настоящее время – заслуженный врач РФ К.И. Закляков. Отделение сегодня является базой подготовки студентов АГМА, врачей-интернов, ординаторов, курсантов ФУВ АГМА. Проводится большая работа по оказанию плановой и круглосуточной экстренной специализированной помощи молодыми воспитанниками клиники и опытными «старожилами» отделения –  А.А. Габуковым, В.И. Гонтаревым, А.П. Леонтьевым. В отделении успешно работает к.м.н. С.А. Шашин, завершая работу над докторской диссертацией, посвященной разработке экспериментальных аспектов пластики аорты.
      Следует отметить, что на сегодняшний день все заведующие хирургическими отделениями и 16 врачей-хирургов из 25 сотрудников хирургических отделений больницы являются воспитанниками клиники факультетской хирургии.
      Говоря о достижениях клиники факультетской хирургии, было бы несправедливо обойти вниманием анестезиолого-реаниматологическую службу, которая в начале своего создания относилась непосредственно к отделениям хирургического профиля. На протяжении многих лет отделением анестезиологии и реанимации Областной больницы заведовал В.Б.Киселев – врач высокой квалификации с огромным практическим опытом. В отделении общей хирургии ведущим анестезиологом работала и продолжает работать Н.А.Макарова, в торакальном – В.А.Пятков, впервые в Астрахани освоивший ведение наркоза при операциях на «открытом сердце» и одномоментных вмешательствах на пищеводе, прошедший подготовку в клинической ординатуре в г. Ленинграде и стажировку в г. Бресте (Франция).
      Наибольшим опытом в анестезиологическом обеспечении реконструктивных операций в колопроктологии обладает Т.В.Корнеева, операций на аорте и магистральных сосудах – К.К.Закляков, который в 2000 году на материале клиники успешно защитил кандидатскую диссертацию по лечению РДС-синдрома, а с 2006 года возглавляет данное отделение. Ведением наиболее сложных пациентов в палате реанимации занимаются врачи-реаниматологи с максимальным практическим опытом – М.М.Рыжкова, В.В.Копнин и Н.Н.Волков.
Во все периоды существования кафедры ее заведующие и сотрудники умели работать в условиях полного взаимопонимания и взаимной поддержки с администрацией больницы и руководителями департамента и Министерства здравоохранения: главными врачами – А.К. Беляевой, А.А. Ветлугиным, В.И.Винокуровым, Ю.П.Терлянским, зав. облздравотделом А.М.Ничогой, главным хирургом области В.Н. Бундиным (много лет активно участвовавшим в лечебной и консультативной работе клиники).