Основными научными направлениями клиники являются проблемы инфекции в хирургии, реконструктивной хирургии пищевода, восстановительной и неотложной колопроктологии, хирургической гематологии, хирургии зоба, осложнений ЭКС, применения перфторана в хирургической клинике.
Достигнутый к настоящему времени научно-практический потенциал кафедры и завершающееся строительство хирургического корпуса АМОКБ («Хирургия высоких технологий») и диагностического центра позволяют обсудить возможность создания на базе клиники курсов торакально-сосудистой хирургии и колопроктологии для обучения студентов старших курсов, клинических ординаторов и интернов.
Кафедра будет принимать активное участие в становлении кардиохирургической службы региона и нового кардиохирургического центра.
 
Список диссертаций и монографий
 
Докторские диссертации
1.     Ойстрах Д.Г. Биохимические сдвиги после резекции желудка. 1938 г.
2.     Смирнов Е.В. Зашивание брюшной стенки наглухо после удаления желчного пузыря. 1940 г.
3.     Галушко А.Я. Резекция печени в эксперименте и клинике. 1949 г.
4.     Домрачев А.С. Клиника, диагностика и лечение новообразований средостения. 1970 г.
5.     Афанасьева К.А. Клинические аспекты цирроза печени. 1971 г.
6.     Халов Ю.Н. Хирургия длительных  изолированных и комбинированных окклюзий бронха и лёгочной артерии (в экспериментальном освещении). 1990 г.
7.     Иванов С.П. Вмешательства на трикуспидальном клапане в хирургическом лечении многоклапанных ревматических пороков сердца. 1990 г.
8.     Мустафин Д.Г. Поражение лёгких при сепсисе. 1993 г.
Монографии
1.     Миронов А.И. Экспериментальный абсцесс лёгкого. Медгиз.1939 г.
2.     Бржозовский А.Г. Частная хирургия. Медгиз. 1950 г.
3.     Богатов А.И., Мустафин Д.Г. Стафилококковая пневмония у взрослых. М. 1984 г.
4.     Соловьёв Г.П., Иванов С.П. Пороки трикуспидального клапана и пластические операции на нем. М. 1988 г.
Кандидатские диссертации
1.     Баль В.М. Резекция желудка по способу Бильрот I – Габерер. 1933 г.
2.     Смирнов Е.В. Пиелотомия без шва. 1934 г.
3.     Галушко А.Я. К вопросу о консервации крови (влияние различных температур). 1935 г.
4.     Вихман А.А. Сравнительная оценка модификаций операции резекции желудка по способу Бильрот-II. 1936 г.
5.     Тулузакова А.С. Моторно-эвакуаторная функция желудка после его резекции в рентгенологическом освещении.1937 г.
6.     Беличенко А.В. Пересадка мочеточника в кишку по Миротворцеву. 1937 г.
7.     Лычманов Н.Г. Костно-суставной туберкулёз у детей. 1937 г.
8.     Арсланов М.Д. Облитерирующий эндартериит у рабочих рыбной промышленности и меры профилактики этого заболевания среди них. 1954 г.
9.     Антонов Н.М. Сравнительная оценка морфологических и некоторых функциональных нарушений почек после их резекции с применением различных тканей. 1962 г.
10. Иванов П.А. Применение лавсана для пластики грудного отдела трахеи в эксперименте. 1966 г.
11. Сердюков И.Ф. Сравнительная оценка некоторых методов хирургического лечения острого инфаркта миокарда в эксперименте. 1966 г.
12. Мочалов Г.П. Диагностические возможности лапароскопии. 1968 г.
13. Макаров А.В. Новая модификация расширенной резекции толстой кишки у детей. 1968 г.
14. Халов Ю.Н. Восстановление функции и структуры резецированного лёгкого после длительного асептического ателектаза. 1970 г.
15. Станкевич Л.К. Одновременная циркулярная резекция главного бронха и лёгочной артерии в эксперименте. 1970 г.
16. Рябинин С.П. Оценка некоторых методов пластики циркулярных и клиновидных дефектов бронхов алло- и аутотканями. 1971 г.
17. Силищев Р.Ф. Химические ожоги желудка и их хирургическое лечение. 1971 г.
18. Мельман В.М. Изменения дыхания, кровообращения и состава крови при острых и хронических раздражениях почек. 1968 г.
19. Горшков В.В. Гипоспадия у детей и восстановление недостающей части уретры по видоизменённому методу Дюплея. 1972 г.
20. Панькова М.Р. Предоперационная оценка внешнего дыхания при некоторых заболеваниях органов грудной клетки. 1974 г.
21. Матвеева Т.А. Сократительная функция миокарда при некоторых заболеваниях лёгких и влияние оперативного лечения на неё. 1975 г.
22. Мустафин Д.Г. Стафилококковая пневмония у взрослых. 1975 г.
23. Величко Р.Н. Развитие трахеи во внутриутробной жизни и некоторые формы её врожденной патологии. 1975 г.
24. Есин В.И.
25. Мустафин Р.Д. Сравнительная оценка вариантов одномоментной желудочной эзофагопластики. 1996 г.
26. Мустафин В.Д. Чрезплевральные операции при кардиоэзофагеальном раке. 1997 г.
27. Хамад Т. Повышение жизнеспособности желудочных трансплантатов при эзофагопластике с применением перфторана. 1999 г.
28. Скрижалин В.О. Повышение жизнеспособности трансплантатов из илеоколон при пластике пищевода с применением перфторана. 2003 г.
29. Закляков К.К. Респираторный дисстресс-синдром. 2004 г.
30. Харитонов Д.А. Профилактика и лечение осложнений инородных тел пищевода. 2005 г.
31. Булгаков Е.В. Клинико-функциональная оценка различных вариантов эзофагогастропластики. 2006 г.
32. Савенков М.С. Малосимптомный острый деструктивный холецистит: комплексный мониторинг и оптимизация хирургической тактики. 2007 г.
33. Воробьёв А.И. Операция Льюиса в системе лечения рака пищевода. 2007 г.