Основной тематикой научно-исследовательской работы являются проблемы одонтогенных воспалительных процессов и травматология челюстно-лицевой области, а также дентальная имплантология. В 2007 г. опубликована монография «Дентальная имплантация на нижней челюсти: клинико-анатомическое исследование». В 2011 г. А.П. Нестеров получил очередной патент на изобретение «Набор для дентальной имплантации». В 2011 году доцентом Нестеровым А.А. запланирована докторская диссертация «Одонтогенный остеомиелит челюстей у лиц с наркотической зависимостью от дезоморфина».
На кафедре работает студенческий научный кружок (руководитель ассистент Востриков И.Н.).