Первичная профсоюзная организация Астраханского ГМУ является одним из структурных подразделений областной организации профсоюза работников здравоохранения РФ. В структуру первичной профсоюзной организации входят 71 профгруппа.

Одной из задач профсоюзного комитета является эффективная защита правовых, трудовых, социально-экономических интересов членов профсоюза, что особенно важно в связи с реформами, как в здравоохранении, так и в высшем образовании. Следуя уставным целям и задачам, профком активно выполняет функцию профсоюзного контроля над соблюдением норм трудового законодательства и иных нормативно-правовых актов.

Приоритетными в деятельности профсоюза являются вопросы обеспечения основных гарантий в сфере оплаты труда. В медицинском университете разработаны и приняты критерии и показатели для стимулирования труда сотрудников в зависимости от результатов и качества работы. При оценке эффективности работы сотрудников для принятия решения об установлении им выплат стимулирующего характера, в вузе были созданы соответствующие комиссии с участием председателя профсоюзной организации.

Важную роль в регулировании социально-трудовых отношений между администрацией и сотрудниками ВУЗа играет коллективный договор. За пятилетний период коллективный договор был заключён дважды: 26 июня 2019 года и 15 декабря 2022 года. В договорах были отражены вопросы заработной платы сотрудников, создание безлопастных условий труда, соблюдение трудового законодательства по защите трудовых прав и социально-экономических интересов сотрудников и многое другое.

Одной из основных задач профкома является контроль за безопасными условиями труда сотрудников. Профсоюзный контроль за состоянием условий и охраны труда в вузе осуществляет уполномоченный труда профкома и совместная с вузом комиссия по охране труда. Проведена специальная оценка всех рабочих мест университета.

Профкомом проводится большая работа по организации оздоровления и отдыха членов профсоюза и их семей. При обретении санаторно-курортных путёвок через объединение ФНПР «Профкурорты» имеется скидка 20%. Для удешевления стоимости путёвок на санаторное лечение и оздоровление детей создан фонд «Оздоровление».

Также организованы «Фонд солидарность» и «Фонд временной материальной помощи» (беспроцентная ссуда).

Профком активно занимается физкультурно-оздоровительной работой, поддерживая массовой спорт среди сотрудников. Спортивная команда вуза на протяжении многих лет показывает отличные спортивные результаты, завоёвывая призовые места, кубки и медали.

Профком участвует во всех мероприятиях, проводимых областным комитетом профсоюза  работников здравоохранения, а также проводит самостоятельно культурно-массовые мероприятия: фотоконкурсы, конкурсы на лучший тематический детский рисунок, посещение театров, организация детской новогодней ёлки, ко дню детей 1 июня организовывает детские подарки для первоклассников и выпускников 11-ых классов и многое другое.

Профком служа интересам сотрудников университета, следует принципам единства и солидарности.