Кафедра фармацевтической химии создана в сентябре 2004 года в связи с открытием фармацевтического факультета. Первым заведующим кафедрой был доктор медицинских наук, доцент Дмитрий Леонидович Луцкий.
С марта 2008 года по сентябрь 2013 года кафедрой заведовала кандидат химических наук, доцент Ольга Львовна Титова. За 5 лет руководства Титовой О.Л. был сформирован молодой коллектив, разработаны программы по ряду дисциплин, оборудованы лаборатории, закуплено необходимое оборудование.
С сентября 2013 года кафедра фармацевтической химии переименована Приказом ректора в кафедру химии фармацевтического факультета. С этой же даты на должность заведующего кафедрой химии фармацевтического факультета назначена, а позже и избрана доктор биологических наук, доцент Марина Владимировна Мажитова, которая руководит кафедрой по настоящее время.