Кафедра осуществляет свою научную деятельность в рамках комплексной программы научно-исследовательской работы, включающей в себя несколько разделов, по которым ведутся исследования: изучение эпидемиологии инфекционных болезней, оптимизация диагностики, внедрение современных методов терапии и профилактики, разработка алгоритмов оказания неотложной помощи больным с инфекционной патологией, оптимизация антибактериальной терапии в стационаре, мониторинг возбудителей инфекционных болезней. Особое внимание уделяется изучению современных клинических особенностей регионально значимых, природно-очаговых инфекций Астраханской области.

За последние пять лет ППС кафедры опубликовано более 150 научных работ. Успешно защищена докторская диссертация «Диагностика и прогнозирование тяжелого течения и осложнений Астраханской пятнистой лихорадки и коксиеллеза на современном этапе» (В.В. Василькова). Сотрудники кафедры вошли в авторский коллектив Национального Руководства «Инфекционные болезни»; Руководства к практическим занятиям «Инфекционные болезни». Ежегодно профессорско – преподавательский состав кафедры принимает участие в международных и всероссийских конференциях с докладами, отражающими результаты клинических наблюдений, эпидемиологического мониторинга.