Кафедра инфекционных болезней была основана в 1923 году. Первым организатором и заведующим до 1942 года был профессор Ф.М. Топорков, воспитанник Саратовского университета, крупный организатор противоэпидемической службы и известный ученый-инфекционист. Профессор Федор Михайлович Топорков и врач-паразитолог Ш.И. Эпштейн впервые в Астрахани начали работу по ликвидации малярии. Имя профессора Ф.М. Топоркова навечно записано в Книгу почета Всесоюзного научного медицинского общества эпидемиологов, микробиологов и инфекционистов им. И.И. Мечникова.

С 1942 по 1964 годы кафедру возглавляла ученица профессора Ф.М. Топоркова доцент А.П. Возжаева. Именно на эти годы пришлось возвращение института из эвакуации, фактически заново организовывался учебный процесс, продолжалась огромная лечебная работа, намечались основные направления научной работы. С июня 1964 года по март 1975 года кафедрой руководил доцент Б.П. Богомолов. С апреля 1975 г. по август 1989 г. заведующей кафедрой была доцент К.Ф. Ветлугина. В этот период были защищены кандидатские диссертации В.А. Витковской, И.Ф. Вишневецкой, основана цитохимическая лаборатория.

С сентября 1989 года по сентябрь 2021 г. кафедру возглавлял д.м.н., профессор Халил Мингалиевич Галимзянов. Профессор Галимзянов был первым ученым, который изучал новое инфекционное заболевание в Астраханской области – Астраханскую риккетсиозную лихорадку. Его докторская диссертация посвящена особенностям этиологии, патогенеза, клиники, дифференциальной диагностики и лечения данной патологии. Под руководством Х.М. Галимзянова защищены 7 докторских и 16 кандидатских диссертаций. Дважды школа инфекционистов Астраханского региона была признана ведущей научной школой в РФ.

С сентября 2021 г. по настоящее время заведующий кафедрой –  д.м.н., доцент Василькова Вера Владимировна.