Кафедра фармакологии была организована в 1920 году. Ее основателем был доктор медицинских наук, профессор Василий Ильич Березин. Профессор В.И. Березин — один из талантливых учеников основоположника отечественной фармакологии академика Н.П. Кравкова. 
В 1911 году в лаборатории Н.П. Кравкова им была защищена диссертация на тему: «К вопросу о влиянии этилового алкоголя на газообмен животных». В Астраханском медицинском институте В.И. Березин возглавлял одновременно две кафедры: нормальной физиологии и фармакологии. В течение двух лет В.И. Березин был директором мединститута, а также организатором и редактором «Астраханского вестника» и «Астраханского медицинского журнала». В 1925 года после его смерти кафедры фармакологии и физиологии были разделены.
В 1911 году в лаборатории Н.П. Кравкова им была защищена диссертация на тему: «К вопросу о влиянии этилового алкоголя на газообмен животных». В Астраханском медицинском институте В.И. Березин возглавлял одновременно две кафедры: нормальной физиологии и фармакологии. В течение двух лет В.И. Березин был директором мединститута, а также организатором и редактором «Астраханского вестника» и «Астраханского медицинского журнала». В 1925 года после его смерти кафедры фармакологии и физиологии были разделены. С 1925 года свыше 30 лет кафедрой руководил высококвалифицированный и эрудированный профессор Григорий Абрамович Малов. Основное научное направление исследовательской работы на кафедре в это время – фармакология сосудов. За работы «Тонус вен и его значение» и «Коллапс» Г.А. Малову присуждена ученая степень доктора медицинских наук без защиты диссертации. Под его руководством на кафедре было выполнено и опубликовано 50 научных работ, кроме того, закончено выполнение 11 кандидатских и 1 докторской диссертация. Сотрудниками кафедры в то время были Н.А. Михеева, И.А. Лерман, И.И. Вайнштейн, Л.В. Михалевская, М.М. Десницкая. В дальнейшем Н.А. Михеев стал самостоятельно руководить кафедрой фармакологии мединститута в Хабаровске, И.А. Лерман — в Уфе, Л.В. Михайлевская — в Ставрополе, М.М. Десницкая — в Калинине. На кафедре в те годы обучались аспиранты С.М. Трегубов, З.М. Шишкина, В.А. Федорова, Л.И. Мануйлова, К.И. Селиверстова.
Самое трудное время кафедра переживала в годы Великой Отечественной войны. Большая часть сотрудников ушла на фронт. В эвакуации в Барнауле на кафедре оставались: Г.А. Малов и А.В. Щеглова (Малова-Утюмова), которая была переведена с кафедры санхимзащиты. В тяжелые годы войны на кафедре помимо учебной велась и научно-исследовательская работа, имеющая оборонное значение, за что Г.А. Малов и А.В. Щеглова были награждены медалями «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг».
В 1946 г вернулись на кафедру сотрудники, пришли новые аспиранты А.С. Закс и В.М. Ядрова. Весь большой коллектив был занят выполнением диссертационных работ. После успешной защиты А.С. Закс был направлен на работу в Пермский мединститут, а В.М.Ядрова — в Краснодарский. В 1952 г. в аспирантуру при кафедре фармакологии была зачислена А.Г. Поплавская (Коняева), в 1954 — Р.Г. Дианова. После тяжелой болезни 23 ноября 1956 г. на 58-ом году жизни скончался профессор Г.А. Малов.
В 1957 году на должность зав. кафедрой была избрана доцент Валентина Александровна Федорова. Продолжая исследования, начатые при Г.А. Малове, В.А. Федорова в 1971 году защитила докторскую диссертацию «Воспалительная реакция организма в условиях воздействия на него противотуберкулезными средствами». При профессоре В.А. Федоровой значительно обновился преподавательский состав кафедры. 
На кафедру пришли новые сотрудники: в 1965 году ассистент к.м.н. Е.Ф. Стебихова, в 1966 года после окончания целевой аспирантуры при 1-ом Московском медицинском институте им. Сеченова к.м.н. А.Д. Гаврилова, из практического здравоохранения пришли в 1969 г. Л.Н. Кузнецова, в 1974 г. — Е.П. Майрова, Т.Л. Вереина. В эти годы защитили кандидатские диссертации: Л.Н. Кузнецова, ТЛ. Вереина, Н.И. Стемпковская, А.А. Духовская; активно велись научные исследования по нескольким направлениям: влияние фармакологических средств на воспалительную и иммунную реакции организма, свертывание крови, продукцию эмбриоспецифических белков, на мозговое кровообращение. В разработке указанных проблем принимали активное участие студенты — члены фармакологического кружка. Многие из бывших кружковцев по окончании института продолжали заниматься научно-исследовательской работой в различных областях медицины (зав. кафедрой инфекционных болезней, доцент Б.П. Богомолов, доктор медицинских наук, профессор Ленинградского мединститута П.П. Денисенко и другие).
На кафедру пришли новые сотрудники: в 1965 году ассистент к.м.н. Е.Ф. Стебихова, в 1966 года после окончания целевой аспирантуры при 1-ом Московском медицинском институте им. Сеченова к.м.н. А.Д. Гаврилова, из практического здравоохранения пришли в 1969 г. Л.Н. Кузнецова, в 1974 г. — Е.П. Майрова, Т.Л. Вереина. В эти годы защитили кандидатские диссертации: Л.Н. Кузнецова, ТЛ. Вереина, Н.И. Стемпковская, А.А. Духовская; активно велись научные исследования по нескольким направлениям: влияние фармакологических средств на воспалительную и иммунную реакции организма, свертывание крови, продукцию эмбриоспецифических белков, на мозговое кровообращение. В разработке указанных проблем принимали активное участие студенты — члены фармакологического кружка. Многие из бывших кружковцев по окончании института продолжали заниматься научно-исследовательской работой в различных областях медицины (зав. кафедрой инфекционных болезней, доцент Б.П. Богомолов, доктор медицинских наук, профессор Ленинградского мединститута П.П. Денисенко и другие). В 1970 году, успешно окончив целевую аспирантуру при кафедре фармакологии Казанского мединститута и досрочно защитив кандидатскую диссертацию, на кафедру зачислен ассистентом Анатолий Борисович Матвеев. С 1974 года А.Б.Матвеев – доцент кафедры фармакологии.
В 1982 года доцент А.Б. Матвеев избирается заведующим кафедрой фармакологии. В 1986 г. А.Б. Матвеев защитил докторскую диссертацию «Исследование кинетики первичного иммунного ответа клеток организма в условиях воздействия на него некоторыми цитостатическими средствами». Основное направление научных исследований кафедры в этот период – иммунофармакология цитостатиков. Научно-исследовательская работа кафедры входила в общероссийскую программу по иммунофармакологии. По этой проблеме защищены кандидатские диссертации ассистентами В.Е. Турищевым и Д.Ш. Дубиной. На базе кафедры было с 1986 по 1990 гг. было проведено два пленума правления Всероссийского общества фармакологов с участием ведущих специалистов и ученых страны. В этот период профессор А.Б. Матвеев являлся членом учебно-методического совета по фармакологии Минздрава РФ, членом правления Всероссийского общества фармакологов, издал несколько монографий. За заслуги в области науки А.Б. Матвееву в 1998 г. Американский биографический институт присвоил звание «Человек года» с вручением ему золотой медали. Итогом многолетней работы профессора А.Б. Матвеева и возглавляемого им коллектива единомышленников стала актовая речь «Современное состояние и перспективы изучения иммунофармакологии и иммунофармакотерапии» в 2001 г.
В течение двух лет с 2002 по 2004 годы кафедры была объединена с кафедрой клинической фармакологии (зав. кафедрой – профессор АГМА Т.И. Касаткина). С 2004 по 2016 года кафедрой фармакологии заведовала доктор медицинских наук, доцент Диляра Шагидуллаевна Дубина.
Долгие годы активно трудились на кафедре доценты А.Г. Коняева и Т.Л. Вереина. В разные годы преподавали фармакологию к.м.н. З.М. Шишкина, Р.Г. Дианова, к.м.н. Е.Ф. Стебихова, к.м.н. В.Е. Турищев, В.Н. Старосветский, О.Е. Красовский, С.В. Антоненко, д.м.н. М.А. Епинетов, к.м.н. Е.Н. Лазарева. Длительное время на кафедре работали старшие лаборанты Л.К. Уланова, Т.П. Дырдина, А.Д. Володина, В.Ф. Серебрякова, А.Г. Трусова. Творческий подход на занятиях со студентам демонстрировали опытнейшие преподаватели академии: заслуженный преподаватель АГМА, к.м.н. А.Д. Гаврилова и к.м.н. Л.Н. Кузнецова, передавая свой богатый опыт молодым.
Сотрудники кафедры всегда принимали активное участие в общественной жизни университета. На протяжении многих лет работала помощником декана педиатрического факультета, возглавляла школу кураторов Алла Дмитриевна Гаврилова, Людмила Николаевна Кузнецова на определенном этапе являлась председателем профкома академии, Д.Ш. Дубина была секретарем Ученого совета педиатрического факультета. В настоящее время сотрудники кафедры Н.В. Тимофеева и Д.А. Горшков с успехом работают в отделе по воспитательной работе университета.
В настоящее время кафедру фармакологии возглавляет к.м.н., доцент Екатерина Алексеевна Орлова. Сотрудниками являются профессор, д.м.н. Б.И. Кантемирова, доцент к.м.н. К.А. Татжикова, доцент к.м.н. Н.В. Тимофеева, доцент к.м.н. Д.А. Горшков, ассистенты к.б.н. А.К. Андреева, Н.Н. Гражданцева, А.И. Гречухин, К.А. Шулятьева, аспирант Абдуллаев М.А.
Преподавание фармакологии ведется на 3 курсе лечебного, педиатрического, медико-профилактического, стоматологического факультетов; на 3, 4 курсах фармацевтического факультета; на 1 и 2 курсах факультета клинической психологии; на разных специальностях факультета иностранных студентов, в том числе на языке-посреднике (английский, французский), на факультете среднего медицинского образования по специальностям «Фармация», «Сестринское дело», «Акушерское дело», «Лечебное дело».
Научная работа на кафедре ведется по направлениям: фармакоэпидемиология и фармакоэкономика лекарственных средств, экспериментальная оценка психотропной активности лекарственных препаратов. Запланирована и активно выполняется межкафедральная комплексная НИР по теме «Фармакоэпидемиологические и фармакоэкономические аспекты фармакотерапии остеопороза в Астраханском регионе» совместно с кафедрой экономики и управления здравоохранением с курсом последипломного образования. В настоящее время готовится к защите докторская диссертация, выполняются на кафедре 2 кандидатских и 1 докторская диссертации.
Коллектив кафедры фармакологии – это коллектив единомышленников, специалистов своего дела, вкладывающих весь творческий и профессиональный потенциал в развитие кафедры и процветание университета.