Кафедра химии была создана в 1918 году и до 1943 года размещалась по адресу: ул. Красная  Набережная, 44. Кафедра имела собственную лекционную аудиторию, 8 учебных комнат и 8 лабораторых помещений, где занимались студенты и велись научные исследования. Созданию кафедры по стандартам С-Петербургского университета способствовал его выпускник и инже­нер-нефтехимик А.Ю. Варшавский, который заведовал кафедрой С 1918 по 1925 гг., до эмиграции в Швецию.

С 1925 по 1935 год кафедрой заведовал про­фессор А.Г. Огородников, известный специалист в области аналитической и токсикологической химии, также выпускник Санкт-Петербургского университе­та, ученик академика Н.С. Курнакова.

 В 1931 году им на кафедре была создана НИЛ «Соляная станция», которая выросла в самостоятель­ное научное подразделение и финансировалась институтом геохимии АН СССР.

На протяжении более 30 лет кафедра занима­лась изучением минеральных богатств Астраханского края и их медицинским применени­ем. За это время сотрудниками кафедры и НИЛ только в научных журналах Всесоюзного уровня было опубликовано более 190 научных статей, а также сотни научных и научно-популярных сооб­щений в региональных изданиях.

 С 1935 года кафедру возглавил доцент (впоследствии доктор хим. наук) Б.И. Степанов, который продолжил и развил педагогические и научные инновации, внедренные проф. Огородниковым, который продолжал трудиться в Московском горном институте на должности зав. кафедрой до 1969 года. 

Особое место в истории кафедры занимает имя Евгения Ивановича Руденко, работавшего на кафедре с 1931 по 1981 г. (зав. кафедрой с 1955 по 1980 гг.) Он не только известный ученый, давший детальное описание химического состава и медицинского значения соляных озер Астраханской области, но и выдающийся популяризатор науки, обладавший уникальным даром в простой и увлекательной форме рассказывать о самых сложных вопросах строения материи. Им написаны книги «Знаешь ли ты себя?», «Космос, солнце, земля и …», «От водорода до…». Последнюю можно смело назвать бестселлером, она выдержала 6 изданий в СССР и издавалась на 18 языках, в 13 странах мира, общим тиражом более 4,5 миллионов экземпляров.

С 1980 года по 1989 кафедрой заведовал доцент В.И.Балашов, ученик профессора Ю.С. Татаринова.

С 1989 г. кафедрой заведовал доцент Р.З.Алиев, специалист по химии фосфорорганических соединений, значительно повысивший качество преподавании органической химии в АГМА.

В 1992 году кафедра химии была объединена с кафедрой биохимии, где зав. курсом биоорганической химии оставался доцент Р.З. Алиев.

В 1996 году курс биоорганической химии был преобразован в кафедру общей и биоорганической химии, заведующим которой избран доктор медицинских наук А.А.Николаев.

В 2010 году кафедре возвращено историческое название кафедра химии.

Научные исследования кафедры более 35 лет (с начала 30-х годов) были связаны с изучением химического состава соляных озер Астраханской области, Калмыкии и Северного Казахстана и их изменений в результате антропогенных и природных причин. По существу, это были первые в нашем регионе и одни из первых в стране экологические исследования, включавшие в себя экспедиционные, лабораторные и экспериментальные работы, проведенные в комплексе с ведущими химическими институтами страны и на высшем научном уровне.

В настоящее время основное научное направление работы кафедры – исследование молекулярных механизмов мужской субфертильности. Структура и функция ферментов, кинетика ферментативных процессов сперматогенеза. Выделение, очистка, исследование физико-химических свойств белков спермоплазмы, сперматозоидов, секрета предстательной железы, органов и тканей мужской репродуктивной системы и биологических жидкостей и тканей органов пассажа сперматозоидов женской репродуктивной системы (влагалищная жидкость, цервикальный секрет и др. Экспериментальные модели исследования влияния физических и химических факторов на основе стандартных препаратов половых клеток мужчин. Исследование факторов апоптоза сперматозоидов и их роли в процессе репродукции. Судебно-медицинские исследования спермы Исследование биологически активных олигопептидов и полипептидов и их роли в фертилизации сперматозоидов. Разработка новых диагностических и прогностических методов для клинической лабораторной диагностики в урологии, онкоурологии, андрологии, акушерстве и гинекологии, дерматовенерологии и в других отраслях клинической медицины.

Профессор А.А.Николаев впервые в нашей стране получил диагностическую систему на простатоспецифический антиген (PSA).

На кафедре подготовлено и опубликовано 82 учебно-методических пособий для студентов по различным разделам химии. За время существования кафедры ее сотрудниками было опубликовано 764 журнальных статьи, издано 39 монографий. Кроме того, было сделано 46 изобретений, получено свидетельство об официальной регистрации программы для ЭВМ и защищены 6 докторских диссертаций и 27 кандидатских диссертаций.