В 1992 году кафедра истории КПСС и политэкономии преобразована в кафедру экономической теории и экономики здравоохранения. Заведовал кафедрой до 2002 года к.э.н. Мельков Василий Дмитриевич. С 2002 заведущей кафедрой избрана к.м.н., а с 2004 года – д.м.н. Шаповалова Марина Александровна, руководившая кафедрой до 2010 года. С 2010 по 2014 годы кафедра экономической теории и экономики здравоохранения была объединена с кафедрой общественного здоровья и здравоохранения с курсом истории медицины под общим названием общественного здоровья, экономики и управления здравоохранением. В июле 2014 года в результате разъединения кафедры общественного здоровья, экономики и управления здравоохранением стала самостоятельным подразделением академии с названием «экономики и управления здравоохранением с курсом последипломного образования». В настоящее время возглавляет кафедру д.м.н. Шаповалова М.А.