На кафедре ведутся научные исследования основного плана НИР АГМА по проблемам: «Хирургическая гастроэнтерология», «Травматизм, заболевания и повреждения опорно-двигательного аппарата»,  «Морфофункциональная организация живых систем в норме, патологии и индивидуальном развитии.

Преподаватели кафедры являются членами Астраханского областного научного общества хирургов (председатель – заслуженный деятель науки РФ, доктор медицинских наук, профессор  Зурнаджьянц В.А.), травматологов и ортопедов (председатель – доктор медицинских наук, Дианов С.В.), Астраханского отделения ВНО АГЭ (председатель – академик РАЕ, доктор медицинских наук, профессор Молдавская А.А.), а также «Ассоциации клинических анатомов России» (Президент – зав.кафедрой оперативной хирургии и топографической анатомии ВОЛГМУ доктор медицинских наук, профессор Воробьев А.А., член Президиума – зав. каф. ТА и ОХ  Астраханского ГМУ, д.м.н.,. профессор Зурнаджан С.А.), созданной в 90-х годах XX-го столетия по предложению ведущих известных современных отечественных топографоанатомов: академика РАМН, д.м.н., проф.  Ю.М. Лопухина, чл.корр. РАМН, д.м.н, проф. И.Д. Кирпатовского, докторов медицинских наук, профессоров О.В. Большакова, В.Г. Владимирова, И.И. Кагана, Н.Ф. Фомина, В.Ф. Байтингера и др. при Всероссийском обществе анатомов, гистологов и эмбриологов (Президент – член-корр. РАМН, доктор медицинских наук, профессор Колесников Л.Л.). Остепененность профессорско-преподавательского состава кафедры составляет около 83,3%.

За годы функционирования кафедры получено 13 авторских свидетельств на изобретение, 6 патентов, более 50 удостоверений на рационализаторские предложения местного и отраслевого значения, защищено 9 докторских и 33 кандидатских диссертаций. В настоящее время соискателями выполняется 2 докторских диссертации:  докторантом искомой кафедры, к.м.н. О.В.Мусатовым «Использование стенки желудка для аутопластики паренхиматозных органов в абдоминальной хирургии», доцентом кафедры поликлинического дела с курсом скорой медицинской помощи, к.м.н. Минаковым А.А. на тему: «Структурные преобразования предстательной железы и их значение для клиники», включенных в план научно-исследовательской работы академии. В текущие последние два десятилетия конца XX и начала XXI веков вышли из печати 3 монографии: «Топографическая и хирургическая анатомия пахового канала с элементами эмбриогенеза» (Автор – А.С. Рудан, под общей редакцией профессора С.А. Зурнаджана, Астрахань, 1997 г.), «Простата в онтогенезе человека» (Авторы: А.А. Минаков, В.М. Мирошников, А.Д. Минаков, С.А. Зурнаджан, Астрахань, 2007 г.), «Травмы опорно-двигательной системы и вопросы их профилактики» (автор доц. И.В.Гречухин, Астрахань, 2011г.) и 12 учебно-методических изданий. Получен Патент на изобретение «Способ резекции печени» (Авторы: Зурнаджьянц В.А., Зурнаджан С.А., Кучин Ю.В., Агаханян Г.Г., 2006г.). В этот же период опубликовано более 250 научных работ и защищены: докторская диссертация – бывшим доцентом искомой кафедры к.м.н. А.А.Путилиным на тему: «Аллотрансплантация сухожилий, насыщенных лекарственными веществами (экспериментально-клиническое исследование)», 1995г. и 8 кандидатских: нынешним доцентом кафедры И.В.Гречухиным  на тему: «Особенности реабилитационного периода после аллотрансплантации сухожилий, обработанных лекарственными препаратами (экспериментально-клиническое исследование)», 1993г., бывшим аспирантом кафедры А.Н.Тарасовым, ставшим доктором медицинских наук, ныне доцентом кафедры травматологии и ортопедии с ВПХ на тему: «Экспериментальное обоснование к применению пластического материала, насыщенного биологически активными веществами, для изоляции сухожильного шва», 1996г., теперешним доцентом кафедры госпитальной хирургии С.В.Антоняном на тему: «Использование пилороантрального отдела желудка на сосудистой ножке при панкреатодуоденальной резекции (экспериментальное исследование)», 1996г., бывшим аспирантом искомой кафедры, ныне ассистентом О.В.Мусатовым на тему: «Аутопластика печени серозно-мышечным лоскутом желудка на сосудистой ножке (экспериментально-иммунологическое исследование)», 1997г., бывшим аспирантом искомой кафедры, ныне ассистентом В.В.Фомичевым на тему: «Хирургически направленная реиннервация потенциального толстокишечного трансплантата (экспериментальное исследование)», 2003г., ассистентом искомой кафедры Г.Г.Агаханяном на тему: «Сравнительная оценка полимерных имплантатов в регенераторном процессе при ушивании ран печени (экспериментальное исследование)», 2004г., бывшим заочным аспирантом искомой кафедры, экспертом Тамбовского судебно-медицинского бюро Д.Ю.Шпехтом  на тему: «Клинико-морфологическая характеристика послеоперационных вентральных грыж передней брюшной стенки в выборе оптимального способа пластики», 2004г., бывшим заочным аспирантом искомой кафедры, ныне доцентом кафедры поликлинического дела с курсом скорой медицинской помощи А.А.Минаковым на тему: «Анатомо-эмбриологические аспекты возникновения доброкачественной узелковой гиперплазии предстательной железы», 2005г, доцентом кафедры урологии с курсом нефрологии АГМА, к.м.н. Ф.Р. Асфандияровым защищена докторская диссертация на тему: «Структурные преобразования системы почечной артерии на этапах онтогенеза человека в норме и при воздействии серосодержащих газов», 2011 год.

Кафедра поддерживает научные связи с подразделениями своей академии морфологического профиля (кафедрами анатомии человека, гистологии, медицинской биологии, биохимии с курсом КЛД, микробиологии, патоанатомии), кафедрами Военной и экстремальной медицины, Педагогики и психологии, Общественного здоровья и здравоохранения с курсами информатики, истории медицины и культурологии и хирургического (кафедрами травматологии и ортопедии с ВПХ, хирургических болезней педиатрического факультета, госпитальной хирургии, хирургии ФПО с курсом эндоскопии, урологии с курсом нефрологии, онкологии с курсом лучевой диагностики и лучевой терапии), кафедрой физики АГТУ, кафедрой патоанатомии РМАПО, проводя совместные комплексные научные исследования, а также с идентичными кафедрами многих медицинских ВУЗов страны (ММА, РГМУ, РУДН, РМАПО, СПбГМУ, СПбАПО, ВмедА, ВолГМУ, ПГМА, СибГМУ, ОрГМА, КурГМУ, КазГМУ и др.). Преподаватели кафедры постоянно участвуют в различных научных Форумах, входя в состав делегатов, членов Оргкомитетов, председательствуют и сопредседательствуют на их Пленарных и секционных заседаниях, выступают со своими научными сообщениями, включаемыми в повестку дня научно-медицинских обществ, внутривузовских, региональных научно-практических, Всероссийских, Международных конференций, Конгрессов, Симпозиумов, Съездов. Помимо этого, они публикуют результаты собственных своих разработок в Трудах АГМА, местных и Центральных научно-практических журналах, в таких, как «Астраханский медицинский журнал», «Казанский медицинский журнал», «Анналы хирургической гепатологии», «Клиническая анатомия и экспериментальная хирургия», «Медицинская иммунология», «Вопросы реконструктивной и пластической хирургии», «Вестник экспериментальной и клинической хирургии», «Вестник Российской ВМА», «Международный журнал по имунореабилитации», «Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология» «Вестник ВолГМУ», «Ученые записки СПбГМУ им. акад. И.П.Павлова», «Морфология», «Травматология и ортопедия России», «Кубанский научный медицинский вестник», «Бюллетень экспериментальной биологии и медицины», научно-практический журнал «Хирург», «Новости хирургии». По рекомендациям  Редакционно-издательского совета и поручениям Научного отдела академии ими рецензируются разнообразная печатная продукция (монографии, учебные пособия, методические материалы и др.), РК планируемых кандидатских и докторских диссертаций. Профессора и доценты кафедры назначаются рецензентами на апробациях. Заведующий кафедрой, профессор С.А.Зурнаджан ни один раз являлся оппонентом при защите диссертаций и многократно – в качестве председателя межкафедральных совещаний, посвященных обсуждению законченных диссертационных работ, доцент И.В.Гречухин – рецензентом, а ассистент кафедры к.м.н. О.В.Мусатов – секретарем на них. Кафедра неоднократно представляла свой ВУЗ – как Ведущее Учреждение.

При кафедре функционирует студенческий научный кружок, привлекающий обучающихся разных курсов и факультетов к овладению научно-исследовательскими навыками для выполнения самостоятельных исследований под руководством преподавателей, подготовке реферативных сообщений по различным медицинским проблемам, работе с определенной специальной        тематической литературой, участию в ежегодно проводимых итоговых общевузовских студенческих научных  конференциях  и форумах молодых ученых и студентов в Российском масштабе (СПбГМУ, РНЦХ, ПермГМА и др.). Студенты-кружковцы кафедры принимали и принимают активное участие в Олимпиадах Всероссийского масштаба (Москва, 2009г, 2010г), и Регионального тура ЮФО (Волгоград, 2011г, Краснодар, 2012, Волглград, 2013) по хирургии в номинациях овладения хирургической техникой (вязание узлов, десмургия, знание хирургических инструментов, наложение различных швов и анастомозов, эндоскопия).