Кафедра гистологии и эмбриологии была основана в 1918 году. Первым заведующим был профессор С.Я. Усов (1918-1919 гг.), являвшийся в то же время ректором университета. В последующие годы кафедру гистологии возглавляли такие известные учёные, как А.А. Пилат (1920-1921 гг.) и Г.Я. Шмидт (1922-1923 гг.). В разные годы (в довоенный и военный периоды) кафедрой руководили Мамаев, Лебедев, Г.Г. Непряхин, Н.В. Попова-Латкина.
   С 1944 по 1946 гг. заведовал кафедрой Л.С. Сутулов. В 1947-1952 гг. кафедру возглавил вернувшийся с фронта питомец института доцент М.Б. Новиков.
   С 1953 по 1958 гг. кафедрой заведовала ученица Б.И. Лаврентьева, лауреат премии Авербаха профессор Н.Г. Фельдман.
   С 1958-1972 гг. заведующим кафедрой гистологии вновь был избран профессор М.Б. Новиков, после смерти которого с 1973 по 1995 гг. кафедру возглавила его ученица профессор Н.С. Сутулова.
   С 1996 года по настоящее время руководит кафедрой приемник профессора Н.С. Сутуловой доктор медицинских наук, профессор Л.И. Наумова.
   С первых лет становления кафедры её сотрудники активно занимались научной работой. Профессор А.А. Пилат занимался изучением инкапсулированных нервных окончаний в кишечном тракте. Изучению опорно-двигательного аппарата посвящена работа старейшего сотрудника кафедры К.Ф. Беркута.
   Исследования профессора Н.Г. Фельдман и её учеников по развитию сетчатки и зрительного анализатора  были продолжены в работах А.Н. Бекчанова и послужили основой его докторской диссертации.
    Фундаментальные исследования профессора М.Б. Новикова и его учеников внесли много нового в наши знания по развитию печени, почек, сердца, сосудов.